Der durch eine IR-Marke eingeräumte Schutz kann auch außerhalb des Schutzverweigerungsverfahrens entfallen, insbesondere nach Ablauf der Fristen des Schutzverweigerungsverfahrens. Es wird dann ein nachträgliches Schutzentziehungsverfahren durchgeführt.
Für die nachträgliche Schutzentziehung gilt das nationale Recht des oder der betroffenen Staaten, z.B. die jeweils einschlägigen Löschungsverfahren; nach deutschem Recht z.B. die Regelungen des Verfalls gem. § 49 MarkenG, der absoluten Schutzhindernisse gem. § 50 MarkenG und der älteren Rechte gem. § 51 MarkenG. Gem. § 115 Abs. 1 MarkenG tritt an die Stelle des Antrags oder der Klage auf Löschung für international registrierte Marken der Antrag oder die Klage auf Schutzentziehung.