Bei übersichtlichen und überschaubaren Vermögensverhältnissen des Steuerpflichtigen, nutzt die Betriebsprüfung als Methode oft die Geldverkehrsrechnung. Im Wesentlichen werden dabei die Einnahmen und Ausgaben näher untersucht.
Eine Betriebsprüfung / Außenprüfung gliedert sich in verschiedene Phasen. Auf die Anfangsbesprechung folgt die eigentliche Betriebsprüfung, in welcher der Betriebsprüfer die Steuerunterlagen sichtet und prüft und Fragen an den Steuerpflichtigen und eventuell auch an Dritte stellt. Es folgt die Schlussbesprechung und abschließend ein Bericht über die Außenprüfung.
Die Schlussbesprechung ist in § 201 Abs. 1 Abgabenordnung (AO) geregelt und verwirklicht den Anspruch des Steuerpflichtigen auf rechtliches Gehör. In der Schlussbesprechung sind strittige Sachverhalte die eine steuerliche Auswirkung haben könnten, zu erörtern. Die Schlussbesprechung ist der Versuch im Rahmen einer einvernehmlichen Gesamtregelung den Prüfungsfall nach Möglichkeit ohne Inanspruchnahme der Finanzgerichte abzuschließen (Streben nach Einigung, Verfahrensökonomie). Wo eine Einigung nicht herbeigeführt werden kann, sollen wenigstens die gegenseitigen Standpunkte für ein späteres Rechtsmittelverfahren klar herausgearbeitet werden.
Das Ergebnis der Betriebsprüfung wird in einem schriftlichen Prüfungsbericht zusammengefasst, § 202 AO. Mit dem Prüfungsbericht wird die Betriebsprüfung / Außenprüfung abgeschlossen. Der Prüfungsbericht ist regelmäßig Grundlage für ggf. erforderliche Änderung von Steuerbescheiden. Die Veranlagungsstelle des Finanzamts nimmt auf der Grundlage des Prüfungsberichts die Änderungen von Steuerbescheiden vor und übersenden sodann dem steuerpflichtigen die geänderten Steuerbescheide.
Rechtsschutz gegen eine Betriebsprüfung ist zu differenzieren: Gegenstand kann einerseits gegen die Betriebsprüfung als solche sein. Es wird versucht, die Durchführung der Betriebsführung insgesamt zu verhindern. Andererseits können die Ergebnisse der Betriebsprüfung Gegenstand von Rechtsmitteln sein. Hier wird die Korrektur von Fehlern des Betriebsprüfers angestrebt.
