Das Ergebnis der Betriebsprüfung wird in einem schriftlichen Prüfungsbericht zusammengefasst, § 202 AO. Mit dem Prüfungsbericht wird die Betriebsprüfung / Außenprüfung abgeschlossen. Der Prüfungsbericht ist regelmäßig Grundlage für ggf. erforderliche Änderung von Steuerbescheiden. Die Veranlagungsstelle des Finanzamts nimmt auf der Grundlage des Prüfungsberichts die Änderungen von Steuerbescheiden vor und übersenden sodann dem steuerpflichtigen die geänderten Steuerbescheide.
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Rechtsschutz gegen eine Betriebsprüfung ist zu differenzieren: Gegenstand kann einerseits gegen die Betriebsprüfung als solche sein. Es wird versucht, die Durchführung der Betriebsführung insgesamt zu verhindern. Andererseits können die Ergebnisse der Betriebsprüfung Gegenstand von Rechtsmitteln sein. Hier wird die Korrektur von Fehlern des Betriebsprüfers angestrebt.
Der Abrechnungsbescheid gem. § 218 Abs. 2 Abgabenordnung (AO) ist ein besonderer Verwaltungsakt, mit welchem über Streitigkeiten über die Verwirklichung von Ansprüchen aus dem Steuerschuldverhältnis entschieden wird. Zuständig für die Entscheidung ist das Finanzamt. Der Abrechnungsbescheid wird entweder auf Antrag des Steuerpflichtigen oder von Amts wegen direkt vom Finanzamt erteilt.
Die tatsächliche Verständigung ist eine von der Rechtsprechung anerkannte Möglichkeit der einvernehmlichen Streitbeilegung im Steuerrecht. Die tatsächliche Verständigung erfolgt zwischen dem Steuerpflichtigen und der Finanzverwaltung, i.d.R. dem Finanzamt. Beim Abschluss einer tatsächlichen Verständigung müssen bestimmte Voraussetzungen beachtet werden, damit die Wirkasmkeit der Regelungen sichergestellt ist. Insbesondere dürfen nur Sachverhaltsfragen Gegenstand der tatsächlichen Verständigung sein.